Молекулярно-біологічна характеристика нового для України Х-вірусу хости

Вперше була отримана повногеномна послідовність українського ізоляту Х-вірусу хости, аналіз якої виявив мутацію (AUG UUG) у старт-кодоні гена білка руху. Для детального дослідження зразки листя Hosta tratt відбиралися за візуальними симптомами, такими як: системний, прожилковий та міжжилковий хлорози, знебарвлення, скручування, гофрування та некротизація листків. Загалом було відібрано п’ять зразків хости чотирьох різних сортів: Hosta Sum and substance (1), Hosta Sum and substance (2), Hosta Striptease, Hosta Lady Guinevere, Hosta X. В результаті серологічного дослідження методом ІФА з використанням Ат до Х-вірусу картоплі було детектовано серологічний вірусний агент у зразку Hosta Sum and substance (зразок 2). За допомогою електронно-мікроскопічного дослідження були візуалізовані вірусні частки з морфологією характерною для представників роду Potexvirus. Український ізолят Х-вірусу хости був використаний для отримання специфічної антисироватки. Вірус був виділений з рослин хости сорту Sum and substance, очищений та сконцентрований методом диференційного центрифугування. Методом Next generation sequencing вперше у Європі була отримана повногеномна послідовність ХВХ. Аналіз повногеномної послідовності українського ізоляту ХВХ (6430 bp) (GenBank: KX033798.1) з іншими ізолятами продемонстрував 99% ідентичності з американським ізолятом HVX-37 та 97,5% подібності з ізолятом з Кореї, HVX-Kr. Усі ізоляти ХВХ утворили окрему кладу, відокремившись від ізолятів ХВК при 100% значенню бутстреп підтримки. Була виявлена заміна амінокислоти у старт-кодоні ORF4 гена білка руху. Наявність неконсервативного старт-кодону підтвердилося додатковим секвенуванням за Сенгером. В українському ізоляті ініціація відбувається з кодона UUG, як і в ізолята зі Сполучених Штатів (U.S. isolate; JQ911698, однак у ізолята з Кореї такої заміни виявлено не було (Korean isolate; AJ620114).

Щетиніна Г. С. Молекулярно-біологічна характеристика нового для України Х-вірусу хости : дис. ... канд. біол. наук : 03.00.06 – вірусологія / Щетиніна Ганна Сергіївна. - Київ, 2018. – 132 с.