Організація петельних доменів ДНК у нуклеоїдах інтактних і бласттрансформованих лімфоцитів

Було продемонстровано, що у нуклеоїдах, отриманих з інтактних і бласттрансформованих лімфоцитів, наявні три основні типи петельних доменів ДНК, які відрізняються між собою особливостями міграції при кометному електрофорезі: короткі поверхневі петельні домени, внутрішні петельні домени нуклеоїду, а також великі петельні домени, що не здатні мігрувати в хвіст комети при електрофорезі. У клітинах з різною транскрипційною активністю та на різних стадіях клітинного циклу відбувається перерозподіл петельних доменів між трьома вказаними типами.
1. Міграція петельних доменів ДНК довжиною до 50 тисяч пар нуклеотидів, розташованих на поверхні нуклеоїду, у хвіст комети відбувається на ранніх етапах електрофорезу, причому швидкість їх руху не залежить від рівня надспіралізації ДНК у них.
2. Міграція петельних доменів ДНК розміром до 200 тисяч пар нуклеотидів, розташованих всередині нуклеоїду, суттєво пришвидшується при зниженні рівня надспіралізації і відбувається у кооперативний спосіб – швидкість руху зростає у процесі електрофорезу. Механізм кооперативності базується на зменшенні тертя, що створюється ДНК всередині нуклеоїду, внаслідок зниження її концентрації під час електрофорезу.
3. Вперше досліджено кінетику виходу ДНК при електрофорезі нуклеоїдів, отриманих з ізольованих ядер лімфоцитів. Показано, що в цьому випадку кооперативні ефекти зникають внаслідок того, що основне гальмування руху петельних доменів створюється не ДНК, а агарозним гелем, який проникає всередину заплавлених в гель клітинних ядер.
4. Закріплення основ петельних доменів залежить від білок-білкових і ДНК-білкових взаємодій. Взаємодії першого типу можуть бути зруйновані денатуруючими агентами сечовиною та додецилсульфатом натрію, другого – сполуками, що інтеркалюють в ДНК. В обох випадках спостерігається зменшення кількості петельних доменів, здатних до міграції, на користь петельних доменів великого розміру, що проявляється у зниженні рівня максимального виходу ДНК при тривалому кометному електрофорезі.

Ключові слова: петельні домени ДНК, нуклеоїд, бласттрансформація лімфоцитів, фрактальна глобула, кометний електрофорез.

Чопей М. І. Організація петельних доменів ДНК у нуклеоїдах інтактних і бласттрансформованих лімфоцитів : дис. ... канд. біол. наук. : 03.00.02 біофізика / Чопей Мар’яна Ігорівна. - Київ, 2017. - 139 с.