Біоінформаційний пошук для сайтів з'єднання транскрипційних факторів в Mbl1 промотору Rattus norvegicus

Bondarenko, V.; Obolenska, M.

Біоінформаційний пошук для сайтів з'єднання транскрипційних факторів в Mbl1 промотору Rattus norvegicus

Тип публікації :

Стаття

Дата випуску :

2013

Автор(и) :

Bondarenko, V.

Taras Shevchenko National University of Kyiv

Obolenska, M.

Institute of Molecular Biology and Genetics NAS

Мова основного тексту :

Англійська

eKNUTSHIR URL :

https://ir.library.knu.ua/handle/15071834/33032

Журнал :

Вісник Київського національного університету імені Тараса Шевченка. Біологія

Випуск :

3

ISSN :

1728-2748

Початкова сторінка :

102

Кінцева сторінка :

105

Цитування :

[APA 7] Bondarenko, V., & Obolenska, M. (2013). Bioinformatical search for transcription factors binding sites in Mbl1 promoter of Rattus norvegicus. Вісник Київського національного університету імені Тараса Шевченка. Біологія, (3), 102–105. https://ir.library.knu.ua/handle/15071834/33032

[ДСТУ] Bondarenko V., Obolenska M. Bioinformatical search for transcription factors binding sites in Mbl1 promoter of Rattus norvegicus. Вісник Київського національного університету імені Тараса Шевченка. Біологія. 2013. Вип. 3. С. 102—105. URL: https://ir.library.knu.ua/handle/15071834/33032

Проведено біоінформатичний аналіз промотору щурячого гена Mbl1, який кодує манозозв'язуючий лектин, на наявність та функціональну специфічність сайтів зв'язування транскрипційних факторів. В роботі було використано позиційно-вагові матриці з баз даних Matrix Family Library Version 9.0 та JASPAR CORE Vertebrata, а також дві програми пошуку сайтів зв'язування – MatInspector та Jaspar. Було проведено філогенетичний аналіз з промотором гена-ортолога Mus musculus та здійснено пошук функціональних модулів знайдених транскрипційних факторів в програмі DiAlign TF. В результаті в промоторі гена Mbl1 щура нами було визначено 3 ділянки, збагачені консервативними сайтами зв'язування транскрипційних факторів, та знайдено 6 модулів потенційної кооперативної взаємодії між транскрипційними факторами.

Ключові слова :

mannose binding lectin weight-position matrices transcription factor binding sites манозо-зв'язуючий лектин позиційно-вагові матриці сайти зв'язування транскрипційних факторів

Галузі знань та спеціальності :

Природничі науки::Біологічні науки::Молекулярна біологія

Галузі науки і техніки (FOS) :

Природничі науки::Біологічні науки::Генетика

Файл(и) :

Завантажити

Формат :

Adobe PDF

Розмір :

480.68 KB

Контрольна сума :

(MD5):62ef667e23a677e5181c1371a537c7fe

Якщо не вказано інше, ця робота розповсюджується на умовах ліцензії Attribution 4.0 International