Порівняння методів HLA-типування для детекції втрати гетерозиготності при рецидивах онкогематологічних захворювань

Дробнова Д. О. Порівняння методів HLA-типування для детекції втрати гетерозиготності при рецидивах онкогематологічних захворювань : випускна кваліфікаційна робота : 091 Біологія та біохімія / наук. кер. А. Юет. Київ, 2026. 81 с.

У роботі проведено порівняння молекулярно-генетичних методів HLAтипування для детекції втрати гетерозиготності при рецидивах онкогематологічних захворювань. Об’єктом дослідження була ДНК пацієнтів ДНП «НДСЛ «Охматдит» МОЗ України» з підтвердженим рецидивом гострого мієлоїдного (ГМЛ) та гострого лімфобластного (ГЛЛ) лейкозів на різних етапах терапії. Типування HLA здійснювалося за допомогою методів різної роздільної здатності: ПЛР із праймерами, специфічними до послідовності (SSР), секвенування за Сенгером (SBT) та секвенування нового покоління (NGS). В ході дослідження встановлено, що методи високої роздільної здатності (SBT та NGS) мають суттєві обмеження при аналізі зразків із високим вмістом ДНК злоякісних клітин (>80%). Доведено, що
біоінформатичні алгоритми спеціалізованого ПЗ не здатні коректно інтерпретувати нестандартні зміни в генотипі. Натомість метод низької роздільної здатності SSP продемонстрував найвищу аналітичну. Окрему увагу приділено аналізу складних генетичних станів, зокрема триалельних варіантів.
Встановлено, що методи NGS та SBT не забезпечують коректного фазування послідовностей, тоді як SSP надійно ідентифікував всі наявні варіанти алелів.
Також виявлено, що при дотрансплантаційному рецидиві соматична втрата алелів може імітувати природну гомозиготність навіть при використанні методу SSP. У даному випадку обґрунтовано необхідність сімейного аналізу або дослідження альтернативного біологічного матеріалу. Отримані результати можуть бути використані для оптимізації алгоритмів діагностики втрати гетерозиготності, що є критичним для вибору ефективної стратегії терапії пацієнтів із рецидивами онкогематологічних захворювань.
Кваліфікаційна робота викладена на 81 сторінці та ілюстрована 12 таблицями та 13 рисунками. Список використаних джерел включає 84 робіт.