Удосконалення методів розрахунку енергетичних параметрів для окремих частин статистичних ансамблів
Тип публікації :
Бакалаврська робота
Дата випуску :
2024
Автор(и) :
Головченко Максим Олександрович
Науковий(і) керівник(и)/редактор(и) :
Мова основного тексту :
ua
eKNUTSHIR URL :
Цитування :
[APA 7] Головченко, М. О. (2024). Удосконалення методів розрахунку енергетичних параметрів для окремих частин статистичних ансамблів [Бакалаврська робота, Київський національний університет імені Тараса Шевченка]. eKNUTSHIR. https://ir.library.knu.ua/handle/15071834/4333
[ДСТУ] Головченко М. О. Удосконалення методів розрахунку енергетичних параметрів для окремих частин статистичних ансамблів : кваліфікаційна робота бакалавра : 09 Біологія / наук. кер. О. Ю. Нипорко. Київ, 2024. 56 с. URL: https://ir.library.knu.ua/handle/15071834/4333 (дата звернення: 25.07.2026).
В даній роботі була проведена реалізація можливості розрахунку деяких, раніше недоступних, енергетичних величин для певної частини системи у поширеному програмному пакеті GROMACS.
Симуляція Молекулярної динаміки (МД) — це обчислювальний метод, у якому часова еволюція набору атомів та/або молекул, які взаємодіють між собою, прогнозується шляхом інтегрування їхніх рівнянь руху. Цей метод став досить важливим інструментом для біології, який дає можливість вивчати взаємодію та поведінку біологічних макромолекул, а також шукати та розробляти нові лікарські засоби, які націлено взаємодіють зі своєю мішенню.
Методи МД дають можливість розраховувати різні енергетичні величини, такі як потенціальна й кінетична енергія, ентальпія, ковалентні, нековалентні та кулонівські взаємодії, які дають можливість оцінити зміни які відбулися в досліджуваній системі.
Нині більшість доступних на сьогоднішній день програмних пакетів для розрахунку та аналізу МД реалізовують розрахунок більшості енергетичних величин для усієї досліджуваної системи. Проте інколи виникає необхідність в розрахунку енергетичних величин для певної частини системи, яка може являти собою певну групи атомів з яких побудована одна чи більше молекул.
Симуляція Молекулярної динаміки (МД) — це обчислювальний метод, у якому часова еволюція набору атомів та/або молекул, які взаємодіють між собою, прогнозується шляхом інтегрування їхніх рівнянь руху. Цей метод став досить важливим інструментом для біології, який дає можливість вивчати взаємодію та поведінку біологічних макромолекул, а також шукати та розробляти нові лікарські засоби, які націлено взаємодіють зі своєю мішенню.
Методи МД дають можливість розраховувати різні енергетичні величини, такі як потенціальна й кінетична енергія, ентальпія, ковалентні, нековалентні та кулонівські взаємодії, які дають можливість оцінити зміни які відбулися в досліджуваній системі.
Нині більшість доступних на сьогоднішній день програмних пакетів для розрахунку та аналізу МД реалізовують розрахунок більшості енергетичних величин для усієї досліджуваної системи. Проте інколи виникає необхідність в розрахунку енергетичних величин для певної частини системи, яка може являти собою певну групи атомів з яких побудована одна чи більше молекул.
Галузі знань та спеціальності :
09 Біологія
09 Біологія::091 Біологія та біохімія
Галузі науки і техніки (FOS) :
Природничі науки
Файл(и) :![Ескіз]()
Вантажиться...
Формат :
Adobe PDF
Розмір :
2.56 MB
Контрольна сума :
(MD5):20ad43100d681cb23374cc3819510fb5
Якщо не вказано інше, ця робота розповсюджується на умовах ліцензії Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International