Удосконалення методів розрахунку енергетичних параметрів для окремих частин статистичних ансамблів

Головченко М. О. Удосконалення методів розрахунку енергетичних параметрів для окремих частин статистичних ансамблів : випускна кваліфікаційна робота бакалавра : 091 Біологія / наук. кер. О. Ю. Нипорко. Київ, 2024. 56 с.

В даній роботі була проведена реалізація можливості розрахунку деяких, раніше недоступних, енергетичних величин для певної частини системи у поширеному програмному пакеті GROMACS.
Симуляція Молекулярної динаміки (МД) — це обчислювальний метод, у якому часова еволюція набору атомів та/або молекул, які взаємодіють між собою, прогнозується шляхом інтегрування їхніх рівнянь руху. Цей метод став досить важливим інструментом для біології, який дає можливість вивчати взаємодію та поведінку біологічних макромолекул, а також шукати та розробляти нові лікарські засоби, які націлено взаємодіють зі своєю мішенню.
Методи МД дають можливість розраховувати різні енергетичні величини, такі як потенціальна й кінетична енергія, ентальпія, ковалентні, нековалентні та кулонівські взаємодії, які дають можливість оцінити зміни які відбулися в досліджуваній системі.
Нині більшість доступних на сьогоднішній день програмних пакетів для розрахунку та аналізу МД реалізовують розрахунок більшості енергетичних величин для усієї досліджуваної системи. Проте інколи виникає необхідність в розрахунку енергетичних величин для певної частини системи, яка може являти собою певну групи атомів з яких побудована одна чи більше молекул.