Порівняння двох обчислювальних алгоритмів для підвищення точності прогнозування специфічних для раку неоепітопів, отриманих шляхом аберантнoгo альтернативного сплайсингу - Юрчикова Маріія Олексіївна (My University, 2023)
Метою цієї роботи було порівняння результатів двох обчислювальних алгоритмів, заснованому на сполученнях екзонів y варіантaх сплайсингу (JP) і на основі графів сплайсингу (GP) для досягнення відтворюваності їх результатів і тим самим підвищення точності прогнозування пухлиноспецифічних неоепітопів, отриманих з альтернативного сплайсингу. Тема роботи є надзвичайно актуальною, оскільки розвиток сучасних обчислювальних методів для прогнозування онкомаркерів, придатних для терапії, є багатообіцяючими та може потенційно принести велику користь у клінічних дослідженнях з розробки вакцин проти пухлин або біомаркерів, які також можуть бути використані для моніторингу пацієнтів після діагностики раку. Однак, щоб надати дослідникам надійні дані потрібна підверджена відтворюваність результатів біоінформатичних алгоритмів з можливістю повторення експериментів. Отримані цікаві результати, а саме: 1) Співпадіння значень експресій спільних послідовностей неоепітопів (9-мерів) для двох вихідних даних агоритмів і координат сполучення екзонів є доказом правильності підрахунку експресій на етапі вирівнювання з референсним геномом і їх нормалізації, а також визначення і екстракції координат, що свідчить про точність двох методів; 2) Кількості відфільтрованих пухлиноспецифічних, спільних для двох агоритмів 9-мерів демонструють різні ефекти фільтраційних параметрів, у випадках застосування строгих правил до порогового значення експресії 9-мерів у когорті нормальних зразків тканин і в той же час «поблажливість» щодо вимог до експресії для включення 9-мерів у когорту ракових зразків впливає на кількість кандидатів у фідфільтрованій вибірці. Підсумки порівняльного аналізу будуть використані у досягненні відтворюваності результатів двох методів і нададуть можливість продовження подальших іn-silico досліджень з валідації експресії ідентифікованих неоепітопів за допомогою мас-спектрометрії та прогнозування афінності зв’язування з комплексом MHC. Ключові слова: обчислювальний алгоритм, аберантний альтернативний сплайсинг, пухлиноспецифічні неоепітопи, відтворюваність результатів, in-silico дослідження з валідації.