Порівняння двох обчислювальних алгоритмів для підвищення точності прогнозування специфічних для раку неоепітопів, отриманих шляхом аберантнoгo альтернативного сплайсингу
Дата
2023
Автори
Юрчикова Маріія Олексіївна
Назва журналу
ISSN журналу
Назва тому
Видавець
Анотація
Метою цієї роботи було порівняння результатів двох обчислювальних алгоритмів, заснованому на сполученнях екзонів y варіантaх сплайсингу (JP) і на основі графів сплайсингу (GP) для досягнення відтворюваності їх результатів і тим самим підвищення точності прогнозування пухлиноспецифічних неоепітопів, отриманих з альтернативного сплайсингу.
Тема роботи є надзвичайно актуальною, оскільки розвиток сучасних обчислювальних методів для прогнозування онкомаркерів, придатних для терапії, є багатообіцяючими та може потенційно принести велику користь у клінічних дослідженнях з розробки вакцин проти пухлин або біомаркерів, які також можуть бути використані для моніторингу пацієнтів після діагностики раку. Однак, щоб надати дослідникам надійні дані потрібна підверджена відтворюваність результатів біоінформатичних алгоритмів з можливістю повторення експериментів.
Отримані цікаві результати, а саме:
1) Співпадіння значень експресій спільних послідовностей неоепітопів (9-мерів) для двох вихідних даних агоритмів і координат сполучення екзонів є доказом правильності підрахунку експресій на етапі вирівнювання з референсним геномом і їх нормалізації, а також визначення і екстракції координат, що свідчить про точність двох методів;
2) Кількості відфільтрованих пухлиноспецифічних, спільних для двох агоритмів 9-мерів демонструють різні ефекти фільтраційних параметрів, у випадках застосування строгих правил до порогового значення експресії 9-мерів у когорті нормальних зразків тканин і в той же час «поблажливість» щодо вимог до експресії для включення 9-мерів у когорту ракових зразків впливає на кількість кандидатів у фідфільтрованій вибірці.
Підсумки порівняльного аналізу будуть використані у досягненні відтворюваності результатів двох методів і нададуть можливість продовження подальших іn-silico досліджень з валідації експресії ідентифікованих неоепітопів за допомогою мас-спектрометрії та прогнозування афінності зв’язування з комплексом MHC.
Ключові слова: обчислювальний алгоритм, аберантний альтернативний сплайсинг, пухлиноспецифічні неоепітопи, відтворюваність результатів, in-silico дослідження з валідації.
Бібліографічний опис
Галузь знань та спеціальність
09 Біологія , 091 Біологія та біохімія
Бібліографічний опис
Юрчикова М. О. Порівняння двох обчислювальних алгоритмів для підвищення точності прогнозування специфічних для раку неоепітопів, отриманих шляхом аберантнoгo альтернативного сплайсингу : випускна кваліфікаційна робота магістра : 091 Біологія / Юрчикова Маріія Олексіївна. - Київ, 2023. - 51 с.