Порівняльний аналіз методів виявлення та кількісної оцінки ліній sars-cov-2 у зразках стічних вод

У роботі проведено оцінку і порівняння ефективності методів детекції ліній на даних SARS-COV-2, включаючи CliqueSNV, PredictHaplo, aBayesQR та gromstole. Згенеровано масивні штучні набори даних рідів зі зразками 11ти варіантів SARS-COV-2, які можуть слугувати основою для оцінки якості та надійності алгоритмів виявлення варіантів і визначення їх концентрацій.
Отримані результати вказують на проблеми в роботі деяких методів з наборами даних повного геному, а також на можливості покращення результатів за допомогою налаштування параметрів алгоритмів. Отримані результати можуть бути використані для вдосконалення існуючих та розробки нових методів детекції варіантів SARS-COV-2, а також для визначення найбільш ефективних підходів для аналізу даних про варіанти цього вірусу.

Ключові слова : порівняльний аналіз, детекція ліній, SARS-COV-2, стічні води, CliqueSNV, PredictHaplo, aBayesQR, gromstole

Тищенко Б. Ю. Порівняльний аналіз методів виявлення та кількісної оцінки ліній sars-cov-2 у зразках стічних вод : випускна кваліфікаційна робота магістра : 091 Біологія / Тищенко Богдан Юрійович . - Київ, 2023. - 40 с.